北千葉広域水道企業団は、地方公共団体である一部事務組合として、普通地方公共団体と同様に法人格を有し、執行機関のほか各構成団体の首長8名を議員とする議会を設置しています。
また、事業運営の円滑な推進を図るため、重要な事項を審議する機関として各構成団体の首長、議会議長等16名をもって構成される運営協議会を設置し、さらに必要な事項について調査審議させるため、各構成団体の水道事業管理者、財政担当部長等16名をもって構成される経営委員会を設置しています。
なお、執行機関には、企業長が議会の同意を得て選任した監査委員が2名置かれています。